Når du har konfigureret en opstarter (se Kør programmer), så kan du også køre det i fejlsøgeren: Vælg menuen Kør -> Start fejlsøger eller tast F9. Hvis du er fortrolig med gdb, så er effekten den samme som at starte gdb med den kørbare fil specificeret i opstartskonfigurationen og så sige Run. Dette betyder, at hvis programmet et eller andet sted kalder abort() (fx hvis det støder på en "assertion", som ikke passer) eller hvis der forekommer en segmenteringsfejl, så vil debuggeren stoppe. Hvis programmet på den anden side kører indtil det er færdigt (hvadenten det løser sin opgave rigtigt eller ej), så vil fejlsøgeren ikke stoppe af sig selv før programmet er færdigt. I dette tilfælde har du brug for sætte et stoppunkt på alle de linjer i din kodebase, hvor du vil have fejlsøgeren til at stoppe, før du starter fejlsøgeren. Du kan gøre dette ved at placere markøren på en sådan linje og vælge menuen Kør -> Slå stoppunkt til/fra eller højreklikke på linjen og vælge Slå stoppunkt til/fra i kontekstmenuen.
