Hver datakilde-handler (kaldet en ressource) og hjælpeprogram (kaldet en agent) kan have sin egen konfiguration, selvom nogle agenter og ressourcer ikke behøver at konfigureres. Den generelle regel er, at for ethvert emne i $XDG_CONFIG_HOME/akonadi/agentsrc er der en tilsvarende konfigurationsfil i $XDG_CONFIG_HOME. Hvis for eksempel afsnittet [Instances] i agentrc indeholder emnet akonadi_ical_resource_2, så er der en konfigurationsfil ved navn akonadi_ical_resource_2rc i mappen $XDG_CONFIG_HOME.
